Региональные и фоновый мониторинги отличаются по целям и объектам наблюдения.

Региональный мониторинг охватывает отдельные регионы, в пределах которых есть процессы и явления, отличающиеся по природному характеру или по антропогенным воздействиям от общего базового фона. 1 Чаще всего такой мониторинг даёт оценку влияния на природную среду в ходе хозяйственной деятельности человека (градостроительство, сельское хозяйство, энергетика и т. д.). 1

Фоновый мониторинг (также называется базовым) — это слежение за состоянием природных систем, на которые практически не накладываются региональные антропогенные воздействия. 2 Для такого мониторинга используют удалённые от промышленных регионов территории, в том числе биосферные заповедники. 2

Таким образом, региональный мониторинг фокусируется на изучении влияния хозяйственной деятельности человека на окружающую среду в определённом регионе, а фоновый мониторинг — на фиксации состояния окружающей среды в местах, где отсутствует такая деятельность.