Основное отличие основного терминала аэропорта Афин от терминала-спутника в том, что они обслуживают разные виды рейсов. 12
Основной терминал обслуживает рейсы внутри Шенгенской зоны и некоторые рейсы из стран, не входящих в неё. 25 Он состоит из трёх уровней: для прилётов, для вылётов и для ресторанного дворика. 25 Для удобства навигации терминал разделён на залы: А для рейсов из стран, не входящих в Шенгенскую зону, и неевропейских рейсов, и B для рейсов внутри Шенгенской зоны и внутренних. 2
Терминал-спутник обслуживает рейсы как из стран Шенгенской зоны, так и из стран, не входящих в неё. 2 Он работает на двух уровнях: один для прилётов, другой для вылётов. 25 Терминал оснащён десятью реактивными мостиками. 25
Таким образом, основной терминал ориентирован на широкий спектр рейсов, в то время как терминал-спутник специализируется на определённых направлениях.