Чем отличается муниципальный транспорт от регионального?

Возможно, имелись в виду различия между муниципальными и межрегиональными маршрутами транспорта.

Муниципальные маршруты — это маршруты в границах поселения, городского округа или субъекта РФ. base.garant.ru vk.com

Межрегиональные маршруты — это маршруты в границах не менее двух субъектов РФ. vk.com

Таким образом, основное отличие заключается в масштабе охватываемой территории: муниципальные маршруты охватывают меньший участок, а межрегиональные — более широкий.