Основное отличие магистральной улицы от пешеходной в назначении и характере движения.
Магистральная улица связывает между собой районы и социально значимые объекты города, обеспечивает подъезд к внешним автомобильным дорогам. ru.wikipedia.org На таких улицах происходит основной поток движения коммерческого, личного и общественного транспорта. ru.wikipedia.org
Пешеходная улица предназначена исключительно для движения пешеходов. spravochnick.ru Движение всех видов транспорта на таких улицах исключено, допускается только пропуск специального и обслуживающего автотранспорта. gugenplan.spb.ru
Таким образом, магистральные улицы выполняют транспортную функцию, а пешеходные — пешеходную.