Чем отличается должность главного специалиста в государственной и коммерческой организации?

Возможно, имелись в виду различия в обязанностях главных специалистов в государственных и коммерческих организациях.

В государственной организации, например в Следственном комитете РФ, главный специалист относится к старшей группе должностей категории «специалисты» и непосредственно подчиняется руководителю подразделения. base.garant.ru В его обязанности могут входить, в частности, принятие решений в сроки, установленные законодательными и иными нормативными правовыми актами, участие в подготовке проектов нормативных правовых актов и управленческих решений. base.garant.ru

В коммерческой организации главный специалист может заниматься, например, такими вопросами:

• участие в разработке проектов планов продаж продукции (работ, услуг), затрат на производство и продажу продукции (работ, услуг), подготовка предложений по повышению рентабельности производства, снижению издержек производства и обращения; legalacts.ru
• контроль за состоянием, движением и целевым использованием финансовых средств, результатами финансово-хозяйственной деятельности, выполнением налоговых обязательств; legalacts.ru
• обеспечение платёжеспособности и увеличение прибыли организации, эффективности финансовых и инвестиционных проектов, рациональной структуры активов; legalacts.ru
• организация разработки информационной системы по управлению финансами, контроль за достоверностью и сохранением конфиденциальности информации; legalacts.ru
• организация работы по проведению анализа и оценки финансовых результатов деятельности организации и разработке мероприятий по повышению эффективности управления финансами, а также проведению внутреннего аудита. legalacts.ru

Таким образом, в зависимости от специфики организации, на главных специалистов могут быть возложены разные задачи.