Безопасность хранения данных в PDF-файле отличается от обычного текстового файла несколькими способами:

• Встроенные средства безопасности PDF. 1 К ним относятся защита документа с помощью пароля, установка ограничений на копирование содержимого или распечатывание файла, а также цифровая подпись для защиты от неавторизованного изменения. 1
• Дополнительные возможности защиты. 1 Например, исполнение пользовательских скриптов на языке JavaScript позволяет организовать дополнительный слой защиты файла. 1 Также можно использовать механизм «плагинов» (расширений) для существующих программ-просмотрщиков, чтобы дополнить их функционал дополнительными механизмами защиты PDF-файлов. 1
• Формат PDF/A. 2 Он предназначен для архивного хранения электронных документов. 2 Основное требование — возможность использования сохранённых в нём материалов через неопределённо большой срок времени. 2 Содержимое файла должно быть полностью самодостаточным: всё, что необходимо для чтения PDF/A-файла, должно быть заключено внутри него. 2

Кроме того, для безопасной работы с PDF-файлами рекомендуется использовать безопасные программы для их чтения, постоянно обновлять программное обеспечение и операционную систему, а также устанавливать обновления приложений. 35