Баргузинский заповедник интересен учёным-биологам разнообразием тем для исследований: 1

• Экология и биология баргузинского соболя. 1 В заповеднике получают общие сведения о его экологии, промысле и делают попытки разведения в неволе. 1 Также исследуют сезонное питание и распределение по местообитаниям, разрабатывают методы учёта соболя. 1
• Геоморфология и вопросы происхождения и развития Баргузинского хребта. 1 Даётся очерк климата, производится геоботаническое описание растительности, составляются геоботанические и почвенные карты. 1
• Растительный и животный мир. 12 На территории заповедника зарегистрированы 41 вид млекопитающих, 274 вида птиц, 6 видов пресмыкающихся, 3 вида земноводных, 880 видов высших сосудистых растений, свыше 1240 видов и подвидов водорослей. 1
• Мониторинг природной среды. 23 В заповеднике контролируют состояние и уровень загрязнения окружающей среды, анализируют атмосферный воздух, осадки, почвы, воды, растительность. 3

В основе научных исследований в заповеднике лежит комплексный подход, который предполагает изучение абиотических факторов, почв, комплексов растений и животных, их связей с ландшафтами. 1