Губа и залив — разные понятия с точки зрения географии.

Залив — это часть водоёма (моря, океана, озера или другого), которая имеет с ним свободное сообщение, но при этом глубоко вдается в сушу. 5 Залив имеет явно выраженные очертания. 5

Губа — это русское название далеко вдающегося в сушу морского залива или бухты, в которые обычно впадают крупные реки. 34 В таких заливах заметно выражено речное влияние: ложе залива несёт следы речных отложений, вода опреснена и по цвету резко отличается от морской. 1

Таким образом, залив более общее понятие, а губа — это конкретный вид залива, который отличается особенностями, связанными с впадением рек и выраженным речным влиянием.