Акватория больше бухты по размеру.
Акватория — это участок водной поверхности, ограниченный естественными, искусственными или условными границами. 15 К естественным акваториям относятся, например, океаны, моря, заливы, бухты, озёра. 13 К искусственным — порты, водохранилища, каналы. 35
Бухта — это небольшая часть моря, залива, озера, водохранилища, обособленная от открытых вод частями суши (выступами берегов, скалами и близлежащими островами) и защищённая ими от волн и ветра. 13