Уникальность Pagani Zonda как суперкара заключается в разнообразии модификаций и лимитированных исполнений. 5 Некоторые из них:

• Zonda HP Barchetta. 4 Имеет уникальный дизайн экстерьера, который отличает автомобиль от других выпускаемых моделей. 4 Среди отличительных черт — кузов barchetta и накладки на задние колёса, вдохновлённые гоночными автомобилями группы C. 4
• Zonda ZoZo. 1 Автомобиль сделан по заказу японского миллиардера Юсаку Маэдзавы, основателя онлайн-магазина одежды Zozotown. 1 Среди особенностей машины — черно-фиолетовая окраска, задние фонари-«бумеранги», а также множество других особенностей в экстерьере, интерьере и оформлении моторного отсека. 1
• Zonda Unico. 23 Спецверсия суперкара, дизайн которой вдохновлён образом китайского горного хребта Кунлун. 2 Оформление кормы родстера дополнено двумя антикрыльями разного размера, расположенными друг за другом. 2 Для автомобиля разработали собственные центральный «плавник» и воздухозаборник. 2

Также уникальность Pagani Zonda заключается в использовании уникальных компонентов, например, амортизаторов от шведской компании Öhlins и шин Pirelli, которые изготавливаются специально под спецификацию каждой машины. 5