Разница между мигалкой и проблесковым маячком заключается в их назначении и использовании:

• Мигалка — это просторечное название проблескового маячка, который в просторечии называют также спецсигналом или мигающим светосигнальным прибором на крыше автомобиля, информирующим о его специальном статусе. 12
• Проблесковый маячок служит для предупреждения участников движения, определения приоритетности движения и даёт иные привилегии либо предупреждает других участников дорожного движения. 2

Таким образом, основное различие в том, что мигалка — это более общее название проблескового маячка, а его основное назначение — информирование о специальном статусе автомобиля и выполнение определённых функций на дороге.