Разница между базовой и обновлённой моделью Yamaha YZF-R25 заключается в некоторых изменениях и дополнениях:

• Базовая модель оснащена 249-кубовым 4-тактным 4-клапанным рядным 2-цилиндровым двигателем с водяным охлаждением DOHC и максимальной мощностью 36 л.с.. 15
• Обновлённая модель 2018 года получила переработанный внешний дизайн в стиле YZR-M1 машины GP, переднюю подвеску, заменённую на перевёрнутую вилку, и светодиодные фары. 15 Эта новая модель поступила в продажу в Японии с 28 марта 2019 года. 1
• Модель 2022 года прошла проверку на выхлопные газы 2020 года, а сигнал поворота стал светодиодным. 1

Кроме того, в обновлённой модели 2023 года в стандартной комплектации есть двухканальная ABS. 2