Основные отличия конструкции двигателя ЗМЗ Pro от базового ЗМЗ-409:

• Привод ГРМ. В ЗМЗ Pro используется двухрядная роликовая цепь со звёздочками вместо башмаков и с гидронатяжителем. 1
• Конструкция ГБЦ. В двигателе Pro изменены фазы газораспределения, установлены новые клапаны и некоторые другие детали ГБЦ (сёдла, направляющие втулки, маслосъёмные колпачки). 1 Это позволило снизить риск «рандеву» поршней с клапанами. 1
• Поршни. В ЗМЗ Pro используются корейские облегчённые поршни высокого качества литья и обработки, где уже с завода установлены кольца и пальцы. 1
• Степень сжатия. Она увеличена с 9,1 до 9,8, что сделало двигатель более эффективным и подходящим для установки ГБО. 8

Кроме того, ЗМЗ Pro лучше предшественников подходит для установки на него ГБО, что позволяет параллельно выпускать две версии — бензиновую (409051) и битопливную (409052). 1