Некоторые двигатели BMW E90 считаются более проблемными из-за различных недостатков, среди которых:

• Рядные четырёхцилиндровые двигатели серий N45, N43 и N46. 1 Высокая температура работы и сложная система бездроссельного впуска Valvetronic делают такие моторы сложными в эксплуатации. 1 В сочетании с коротким интервалом техобслуживания это приводит к тому, что двигатели быстро поглощают масло и выходят из строя. 1
• Мотор N45B20S. 1 Мощность 177 л. с. делает его склонным к серьёзным проблемам с цилиндропоршневой группой и с работой системы ГРМ. 1
• Моторы серии N52B25. 1 Основные проблемы — сильный расход масла, отказы бездроссельного впуска и детонация, которые приводят к полному отказу мотора, падению давления масла, обрывам цепей маслонасоса и ГРМ и проблемам с поршневой группой. 1
• Двигатель N47. 24 Отличается малым ресурсом цепного привода ГРМ, недолговечными пьезофорсунками, а также тем, что при поломке вихревых заслонок впускного тракта обломки могут попасть в цилиндры. 2
• Двигатели с непосредственным впрыском (N43 и N53). 2 Имеют чуть меньше проблем с «железом», но больше — по чувствительной к качеству бензина и дорогой в ремонте системе питания. 2

Многих проблем можно было бы избежать (или отсрочить) при своевременном техническом обслуживании, а также контроле за уровнем масла. 2