На мотоциклах «Иж Юпитер-5» применялось воздушное охлаждение, потому что использование жидкостной системы охлаждения представляло сложность из-за отсутствия некоторых деталей (патрубков, термостата, водяного насоса). 5 При этом детали для воздушного охлаждения были более доступны и имели более приемлемую цену. 5

Однако на поздних моделях мотоцикла «Иж Юпитер-5» с индексом −03 применялось и жидкостное охлаждение, которое позволяло снизить расход топлива, увеличить тягу, уменьшить уровень шума и обеспечить устойчивую работу двигателя. 1

Также картеры ИЖ Ю5 сб.1-07 воздушного охлаждения допускали установку жидкостного охлаждения, при этом цилиндры вставали как родные, ничего не нужно было подрезать. 4