Двигатель N53 считается наиболее проблемным для BMW E60 из-за ряда типичных неисправностей: 1

• Выход из строя топливного насоса высокого давления (ТНВД). 2 Это сопровождается плавающим холостым ходом, проблемами с запуском мотора, рывками при ускорении и ошибками на приборной панели. 2 Выход из строя ТНВД наблюдается на пробеге 80–120 тысяч километров. 2
• Неисправности топливных форсунок. 2 К пробегу в 100 тысяч километров неисправные форсунки пропускают в цилиндры избыточное количество топлива, вызывая пропуски зажигания, низкую эффективность использования топлива, грубую работу на холостом ходу и уведомление Check Engine. 2
• Проблемы с системой зажигания. 2 Традиционной проблемой этого мотора являются катушки и свечи зажигания. 2 Признаки неисправности — пропуски зажигания и неровный холостой ход. 2 Катушки изнашиваются к пробегу в 50 тысяч километров, а свечи зачастую ранее. 2
• Неисправности датчика NOx. 2 На больших пробегах неисправные датчики NOx (датчик оксидов азота в системе выпуска ОГ) вызывают неровный холостой ход, пропуски зажигания в цилиндрах и рывки двигателя. 2

Кроме того, двигатель N53 очень привередлив к качеству масла и бензина, склонен к перегреву. 5