Некоторые основные недостатки мотоцикла ИЖ «Юпитер-2», характерные для его времени:

• Сбивание угла опережения зажигания из-за плохой сборки. 2
• Малопривлекательный дизайн. 2
• Проблемы технического характера при эксплуатации. 2 Например, потеря компрессии, гниение сердечников в катушках зажигания, порвание тросика переднего тормоза, течь карбюратора. 3
• Необходимость предварительно смешивать бензин с маслом. 4 Из-за большого расхода масла и неудобства замешивать его при каждой заправке многие заливали его прямо в бак (поверх топлива), но так делать не рекомендуется — смесь должна быть хорошо перемешана, чтобы избежать проблем со смазкой в процессе работы силового агрегата. 4