Некоторые модификации и версии ВАЗ-2106 помимо стандартной модели:

• ВАЗ-21061. 13 На части автомобилей для внутреннего рынка была упрощена система охлаждения двигателя — отсутствовал электровентилятор, а крыльчатка устанавливалась непосредственно на торец вала насоса охлаждающей жидкости. 13
• ВАЗ-21062. 13 Экспортная версия ВАЗ-2106 с правосторонним расположением органов управления. 13
• ВАЗ-21063. 13 Двигатель ВАЗ-21011 улучшенной комплектации, с датчиком давления масла и с электровентилятором вместо приводимой ремнём крыльчатки. 13
• ВАЗ-21064. 13 Экспортная версия ВАЗ-21061 с правосторонним расположением органов управления. 13
• ВАЗ-21065. 13 Модернизированная версия с улучшенной комплектацией, выпускавшаяся в 1993–2002 годах. 1 От базовой модели отличалась более мощным генератором, пятиступенчатой коробкой передач, редуктором заднего моста с передаточным числом 3,9, бесконтактной системой зажигания, карбюратором «Солекс», галогенными фарами, обивкой и подголовниками сидений, а также штатным наличием заднего противотуманного фонаря и электрообогрева заднего стекла. 1
• ВАЗ-21066. 13 Экспортная версия ВАЗ-21063 с правосторонним расположением органов управления. 13
• ВАЗ-21067. 12 Ижевские модели ВАЗ-2106 последних выпусков имели индекс ВАЗ-21067, на них устанавливался двигатель ВАЗ-21067 объёмом 1600 см³, который является модификацией двигателя ВАЗ-2106 с системой впрыска топлива и каталитическим нейтрализатором. 1
• ВАЗ-21068. 12 Носитель агрегатов и узлов периода доводки моторов ВАЗ-2108 и ВАЗ-21083. 12
• ВАЗ-21069. 12 Модель идентична ВАЗ-2106, но с двухсекционным РПД ВАЗ-411 мощностью 120 л.с.. 1 С 1983 года мог устанавливаться мотор ВАЗ-413 мощностью 140 л.с., а с 1997 года универсальный РПД для заднеприводных и переднеприводных ВАЗов ВАЗ-415. 1
• ВАЗ-2106 «Турист». 23 Пикап со встроенной в кузов палаткой, созданный по заказу технической дирекции. 3
• ВАЗ-2106 «Полседьмого». 3 Одиночный экземпляр, изготовленный по специальному заказу, поступившему от Л. И. Брежнева или кого-то из его окружения. 3 Помимо экспортных бамперов, отличался сиденьями и решёткой радиатора от 2107, а также доработанным под её установку капотом. 3