При переходе Skoda Octavia второго поколения на платформу PQ35 (2004–2013) в конструкции и дизайне автомобиля произошли следующие изменения: 2

• Конструкция: вместо скручивающейся балки на всех версиях стали устанавливать многорычажную подвеску. 1 Также впервые дебютировали бензиновые моторы FSi и TSi, а также роботизированные коробки передач DSG. 2
• Дизайн: пространство в салоне Octavia A5 стало более вместительным, что устранило главный недостаток первого поколения — тесноту заднего дивана. 2
• Внешний вид: в 2007 году появилась внедорожная модификация — полноприводный универсал Octavia Scout с увеличенным дорожным просветом. 15
• Опции: в список доступных опций вошли цветной проекционный дисплей на лобовом стекле, передние боковые стёкла с акустической изоляцией, трёхзонный климат-контроль Climatronic, цифровой ассистент Laura с голосовым управлением. 1
• Объём багажника: у лифтбека он вырос на 10 литров (до 600 литров), а у универсала — на 30 литров (до 640 литров). 1