На Skoda Octavia RS устанавливались различные двигатели, включая:

• 2.0 TSI. 25 Бензиновый двигатель объёмом 1984 см³ и мощностью 245 л.с.. 25
• 2.0 TDI. 25 Дизельный двигатель объёмом 1968 см³ и мощностью 200 л.с.. 25
• 2.0 AMT (265 л.с.). 2 Бензиновый двигатель объёмом 1984 см³ и мощностью 265 л.с.. 2

Также на Skoda Octavia RS второго поколения устанавливались бензиновые двигатели 2,0 л/147 кВт FSI с турбонаддувом и непосредственным впрыском и дизельные двигатели 2,0 л/125 кВт TDI PD с турбонаддувом. 4