На протяжении производства ВАЗ-21099 выпускались различные модификации. 15

Некоторые изменения:

• ВАЗ-21099-00 — базовая модель в комплектации «Стандарт». 3 Оснащалась карбюраторным двигателем объёмом 1,5 литра и бесконтактной системой зажигания. 3
• ВАЗ-21099-02 — модификация в комплектации «Норма». 3 Отличием от предыдущей модели было наличие противотуманных фар и подголовников задних сидений. 3
• ВАЗ-21099-04 — ВАЗ-21099 в комплектации «Люкс». 3 В комплектацию входили карбюратор с полуавтоматическим управлением, электростеклоподъёмники, электроблокировка дверей, противотуманные фары, панель приборов и обивка дверей от автомобиля ВАЗ-2115, набивка сидений из растительного волокна, бархатная обивка сидений, подголовники задних сидений. 3
• ВАЗ-21099-22 — модификация базовой модели ВАЗ-21099-00, в комплектации «Стандарт», но с инжекторным двигателем объёмом 1,5 литра с микропроцессорной системой управления. 3
• ВАЗ-21099-23 — модификация ВАЗ-21099-02 в комплектации «Норма», но с инжекторным двигателем. 3
• ВАЗ-21099-24 — инжекторная модификация ВАЗ-21099-04 в комплектации «Люкс». 3
• ВАЗ-21099-91 — модификация автомобиля ВАЗ-21099, на которую устанавливали двухсекционный роторно-поршневой карбюраторный двигатель ВАЗ-415. 3 Рабочий объём этого двигателя составлял 1308 см³, а мощность достигала 140 лошадиных сил. 3 Максимальная скорость автомобиля составляла 190 км/ч. 3

Также выпускалась версия с постоянным полным приводом (Лада-Виктори), но из-за низких продаж выпуск прекратили. 1 А модель с турбированным 8-клапанным двигателем (Lada Sport) производилась только по индивидуальному заказу. 1

С 1997 года на опытно-промышленном производстве «АвтоВАЗа» начали параллельно производить модель ВАЗ-2115, представлявшую собой рестайлинговую версию ВАЗ-21099 и первую машину семейства «Самара-2». 1 С 1999 года появился вариант с «европанелью» и «евросалоном» от Самары-2. 1