Автоматические коробки передач (АКП) в Audi A6 разных поколений могут отличаться по типу привода, мощности и году выпуска. 2 Некоторые отличия:

• Переднеприводные машины до рестайлинга оснащались вариатором второго поколения производства Audi серии 0AW/VL381. 2
• Большинство полноприводных машин до рестайлинга получали семиступенчатую преселективную коробку DSG серии 0B5 (она же DL501). 2
• После рестайлинга вариатор на переднеприводных машинах и на полноприводных с четырёхцилиндровыми моторами заменяли на семиступенчатую DSG серии DL382-7F. 2
• Самым мощным версиям с двигателями с моментом более 500 Нм полагалась восьмиступенчатая АКП ZF серии 0BK (она же 8HP55AF). 2

Некоторые отличия коробок передач разных поколений:

• Первые коробки, устанавливавшиеся на А6 2000–2001 года выпуска с моторами 2.8 и 2.4, были «сырыми», малонадёжными, с ошибками в софте. 1
• Коробки с 2005 года имели определённые доработки конструкции, другой блок гидравлики, доработанный алгоритм, отличались высокой надёжностью и ресурсом. 1
• Коробки модификации 0AN для 3.2 FSI и 2.7 дизеля, выпущенные в 2006 году, имели другую цепь и геометрию валов, были рассчитаны на больший крутящий момент, до 380 Нм. 1