Pagani Zonda S отличается от других моделей Zonda рядом особенностей:

• Двигатель. На Zonda S установлен эксклюзивный V12 Mercedes-AMG объёмом 7,3 литра и с титановыми шатунами. 1 Он развивает максимальную мощность 555 лошадиных сил и крутящий момент 620 Нм уже при 2000 оборотов в минуту, а может достигать 750 Нм при 4050 оборотов. 1
• Конструкция. Передняя несущая рама предназначена для поглощения ударов и обеспечивает оптимальный уровень ремонтопригодности и безопасности. 1 В передней и задней рамах расположены механические группы и сложные алюминиевые подвески. 1
• Комфорт. В салоне Zonda S благодаря бесшумному двигателю Mercedes-AMG, отличной звукоизоляции и почти полному отсутствию вибраций создается неожиданно комфортная среда. 1
• Управление. У Zonda S отличные показатели сцепления и стабильности независимо от дорожных условий. 1

Другие модели Zonda, например Zonda F и Zonda Cinque, имеют свои особенности, например, дополнительные карбоновые/керамические тормоза, легкосплавные диски, выхлопную систему Inconel, впускной коллектор из гидроформованного алюминия и переработанное переплетение «Z preg» в конструкции кузова для повышения жёсткости и снижения веса. 2