Некоторые отличия мотоцикла Yamaha MT-09 от других моделей Yamaha:
- Двигатель. MT-09 оснащён трёхцилиндровым 850-кубовым двигателем с тремя режимами работы («А», «В» и «стандарт»). 1
- Шасси. Лёгкая алюминиевая рама, алюминиевый асимметричный маятник, компактные размеры и регулируемая перевёрнутая телескопическая вилка обеспечивают собранное, жёсткое шасси с спортбайковской управляемостью. 1
- Приборная панель. Базовая модель MT-09 оснащена новой полноцветной приборной панелью, правда довольно простенькой и без беспроводного протокола. 2
- Посадка. Расслабленная посадка на старой модели Yamaha MT-09 больше походила на туристическую модель Tracer 900 на той же базе. 2
Кроме того, у MT-09 есть версия SP, которая отличается от базовой модели настройками подвесок: на SP есть раздельная настройка сглаживания быстрого и медленного сжатия, а сзади стоит полностью регулируемый Ohlins. 2