Некоторые отличия конструкции кузова ВАЗ-21099 от более ранних моделей семейства «Самара»:

• Тип кузова: ВАЗ-21099 — единственный представитель семейства, который получил 4-дверный кузов типа седан. 1
• Передняя часть: длинные крылья, более длинный капот, новая решётка радиатора, отсутствие пластикового «клюва» спереди. 15
• Оформление задней части: вместо подъёмной пятой двери — Г-образная крышка багажника, открывающаяся под углом 80 градусов, изменение угла наклона неподвижного заднего стекла. 2
• Линия багажника: стала более высокой, чем на прежних седанах, что было новшеством не только в советском автомобилестроении, но и в общемировой практике. 2
• Салон: новая («высокая») панель с тахометром в комбинации приборов, предусмотрено место для установки магнитолы и стереодинамиков. 3
• Габариты: в отличие от старших моделей, седан имел увеличенную габаритную длину (за счёт увеличения заднего свеса на 200 мм). 3