Некоторые отличия BMW E39 от предыдущих поколений 5-й серии BMW:

• Внешний вид. Кузов стал менее угловатым, двойные фары были закрыты общим стеклом, окантовка решётки радиатора приобрела более округлую форму. 1
• Колёсная база. По сравнению с предшественником E34 она увеличилась на 68 мм, а общая длина — на 55 мм. 2
• Жёсткость на кручение. Она была увеличена по сравнению с E34 на 40%, что снижает изгиб кузова и позволяет подвеске работать более точно, а также улучшает качество езды. 2
• Подвеска. Почти полностью сделана из алюминия, что хорошо влияет на управляемость автомобиля, уменьшая его вес. 1
• Противотуманные фары. В отличие от предыдущих моделей, их форма сменилась из прямоугольных на круглые. 6
• Расположение аккумулятора. Для лучшего распределения веса автомобиля по осям аккумулятор был расположен в подполье багажного отделения. 1

В отличие от своего предшественника E34 и преемника E60, E39 не был доступен с полным приводом. 2