Audi A6 C6 отличается от предыдущих и последующих поколений следующими особенностями:

• Внешнее отличие: трапециевидная решётка радиатора, стилистически отсылающая к гоночным болидам Auto Union. 1
• Кузов: из алюминия теперь делали не только подвеску, но и кузовные элементы, что позволило снизить вес машины. 1
• Салон: дизайнеры визуально соединили панель приборов и «бороду», развернув их в сторону водителю. 1 Ручник уступил место электронному стояночному тормозу. 1
• Моторная гамма: осталось 5 моторов: 2 турбодизеля и 3 бензиновых, от 2.4 до 4.2 л. 1
• Опциональные возможности: LED-фары, система ночного видения, система Audi Drive Select, парковочный ассистент и встроенный интернет. 1

От последующих поколений Audi A6 C6 также отличается тем, что в 2008 году была представлена обновлённая версия, претерпевшая небольшой фейслифтинг. 4 В 2011 году на смену C6 пришла новая Audi A6 поколения C7. 4