Некоторые недостатки ERP-систем:

• Высокая стоимость. 2 Полноценная ERP-система — довольно затратная для любой организации. 2
• Длительное внедрение. 25 Для крупных организаций это может занять от 1 до 3 лет. 2
• Сложности с переносом данных. 25 Данные, хранящиеся в существующих системах, не всегда могут быть легко интегрированы в базу данных ERP-системы. 2
• Трудности освоения. 2 Как правило, ERP-системы обладают сложными интерфейсами, для успешного внедрения и работы системы необходимо длительное обучение пользователей. 2
• Повышенные требования к оборудованию. 3 Вся инфраструктура должна быть надёжной и быстродействующей, что существенно повышает стоимость её владения и обслуживания. 3
• Повышенные требования к защите данных. 3 Хранение и передача ценных корпоративных документов, особенно в случае с доступом к ним по сети для удалённых подразделений, требуют более тщательного контроля со стороны системы безопасности. 3