Разница между установками ЭЦП через USB-флешку в новых и старых версиях КриптоПро заключается в способах установки сертификата: 1

1. В новых версиях есть функция автоматической установки персонального сертификата с внешнего носителя на жёсткий диск. 1 Для этого нужно запустить КриптоПро CSP, открыть «Сервис» и выбрать опцию просмотра сертификатов, затем щелчком по кнопке обзора отобразить сертификаты на флешке. 1 Программа предложит выбрать местоположение контейнера, в нашем случае флеш-накопитель. 1 Затем нужно выбрать нужный сертификат и нажать «Далее». 1 В следующем окне щёлкнуть по кнопке установки сертификата, откроется утилита импорта сертификатов. 1 Для продолжения работы следует нажать «Далее». 1 В последних версиях КриптоПро лучше оставить настройки по умолчанию, затем нажать «Готово». 1
2. В старых версиях программа поддерживает только ручную установку личного сертификата. 1 Для этого нужно убедиться, что на флешке, которая используется в качестве ключа, присутствует файл сертификата в формате CER. 1 Затем нужно открыть КриптоПро CSP, выбрать во вкладке «Сервис» пункт «Установить личный сертификат». 13 В открывшемся «Мастере установки личного сертификата» выбрать флешку и папку с сертификатом (как правило, такие документы расположены в каталоге со сгенерированными ключами шифрования). 1 Убедившись, что файл распознан, следует нажать «Далее». 1 На следующем этапе нужно просмотреть свойства сертификата, чтобы убедиться в правильности выбора. 1 Затем следует указать контейнер ключа CER-файла. 1 Если используется этот способ на новейшей CryptoPro, нужно отметить пункт «Установить сертификат (цепочку сертификатов) в контейнер». 1 После этого следует завершить работу с утилитой импорта. 1

Таким образом, для новейших версий КриптоПро подойдёт первый способ, для более старых — второй. 1