Несколько причин, по которым файловая система NTFS склонна к фрагментации:

• Свойство диска NTFS делиться на две зоны. 1 В начале диска идёт MFT-зона, куда растёт Master File Table. 1 Она занимает минимум 12% диска, и запись данных в эту зону невозможна. 1 Это сделано для того, чтобы не фрагментировался хотя бы MFT. 1 Но когда весь остальной диск заполняется, зона сокращается. 1 В результате, если NTFS работает при диске, заполненном на около 90%, фрагментация растёт. 1
• Алгоритм нахождения свободного места для записи файлов. 1 Он способствует фрагментации даже в том случае, если свободное место далеко от истощения. 1

Также фрагментация происходит со временем, после долгого использования, когда остаются места от удалённых файлов и записываются новые. 2