Преимущества многоуровневой файловой структуры:
  - Удобство поиска и упорядочивания файлов.                                                                          skyeng.ru                       Иерархия файлов и папок на различных уровнях позволяет классифицировать их, что облегчает нахождение нужной информации.                                                                          skyeng.ru                      
Недостатки многоуровневой файловой структуры:
  - Низкая скорость работы.                                                                          habr.com                       Много информации бесполезно проходит от слоя к слою, не используя бизнес-логику.                                                                          habr.com                      
- Затруднённый поиск ошибок.                                                                          habr.com                       Если информация повреждается или теряется по пути, для поиска ошибки приходится анализировать каждый уровень по отдельности.                                                                          habr.com                      
Таким образом, преимущества многоуровневой файловой структуры заключаются в удобстве организации файлов и папок, а недостатки — в возможных проблемах с производительностью и сложностью диагностики ошибок.