Да, связка процессора с PCI-E 3.0 и видеокарты с PCI-E 4.0 будет нормально работать. 14 Стандарт PCI Express задумывался с полной обратной совместимостью. 1

Однако стоит учитывать количество линий: 8х 4.0 = 16х 3.0. 1 Если у видеокарты и слота х16, то никаких проблем не будет. 1 Если же у карты х8 4.0, например, RX 5500 XT, то в слоте 3.0 она будет работать на 8 линиях. 1 В этом случае могут появиться незначительные просадки в производительности, особенно если речь идёт о тяжёлой игре и видеокарте с 4ГБ памяти. 1

Также стоит учитывать, что для связи будет использоваться скорость на основе наименьшей из двух версий. 5 Например, если использовать видеокарту PCIe 4.0 с системой PCIe 3.0, то видеокарта будет работать на скорости PCIe 3.0. 5