Основные отличия работы ФСБ и Следственного комитета:

1. ФСБ занимается обеспечением безопасности Российской Федерации, борьбой с терроризмом, защитой и охраной государственной границы, внутренних морских вод, территориального моря, исключительной экономической зоны, континентального шельфа и их природных ресурсов. 14 Также в задачи ФСБ входит обеспечение информационной безопасности и координация контрразведывательной деятельности. 17
2. Следственный комитет осуществляет полномочия в сфере уголовного судопроизводства, включая оперативное и качественное расследование преступлений, обеспечение законности при приёме, регистрации, проверке сообщений о преступлениях, возбуждении уголовных дел, производстве предварительного расследования и судебной экспертизы, а также защиту прав и свобод человека и гражданина 258.

Таким образом, ФСБ фокусируется на общих вопросах безопасности и контрразведки, а Следственный комитет — на расследовании преступлений и обеспечении законности в этой сфере.