Преимущества конфокальной микроскопии по сравнению с обычной световой:

• Высокая контрастность изображения. 2 Это достигается за счёт применения сфокусированной подсветки в области анализа и диафрагмирования излучения в плоскости наблюдения. 2
• Улучшенная разрешающая способность. 2 Латеральная разрешающая способность выше, чем у обычных световых микроскопов. 2
• Получение «оптических срезов» и трёхмерная реконструкция. 2 Специальные программы позволяют из серии оптических срезов создавать объёмные изображения объектов, а также рассматривать их под разными углами зрения. 4
• Возможность проводить мультиспектральные исследования с высокой степенью разделения сигналов. 4
• Возможности применения методов цифровой обработки изображений. 2

Ограничения конфокальной микроскопии:

• Сложность настройки прибора. 2 Необходимо иметь навыки управления микроскопом. 1
• Отсутствие «оптического» изображения. 2 Оно существует только в цифровой форме и отображается на экране монитора. 2
• Высокая стоимость оборудования и его эксплуатации. 2