Некоторые различия между кроссинговером и другими типами генетической рекомбинации:

• Механизм процесса: кроссинговер — это внутрихромосомная рекомбинация генетического материала, при которой происходит реципрокный обмен фрагментами гомологичных хромосом. 2 Другие типы рекомбинации, например сайт-специфическая, основаны на взаимодействии белок-ДНК и (или) белок-белок и не нуждаются в гомологии. 4
• Участки, которые участвуют в процессе: кроссинговер происходит между двумя хромосомами, которые в сумме имеют четыре хроматиды и восемь цепей ДНК. 6 В других типах рекомбинации могут участвовать короткие фрагменты ДНК, например, при сайт-специфической рекомбинации. 1
• Роль молекул ДНК: при кроссинговере молекулы узнают друг друга путём прямого сопоставления их последовательностей. 1 При других типах рекомбинации главную роль играет взаимное узнавание белков, связанных с рекомбинационными сайтами. 1
• Результат процесса: кроссинговер позволяет аллелям в молекулах ДНК менять положение с одного гомологичного сегмента хромосомы на другой. 5 В других случаях рекомбинации один из образовавшихся продуктов идентичен одной из исходных молекул, а другой отличается от обоих партнёров. 1

Кроссинговер не является обязательным процессом для всех эукариот. 3