Ключевые различия между филогенетической таксономией и хемотаксономией в микробиологии заключаются в используемых методах и целях:

1. Филогенетическая таксономия основана на учёте исторического развития мира и эволюционных преобразований. 13 Филогенетическими маркерами служат рРНК, в первую очередь — 16S-рРНК, а взаимоотношения организмов наглядно изображают графически в виде филогенетических деревьев. 13
2. Хемотаксономия — частный раздел систематики, в основе которого лежит сравнительный анализ свойств фенотипа биохимическими методами. 13 Для этого используются такие методы детального изучения химического состава клетки, как газожидкостная хроматография и масс-спектрометрия липидов и жирных кислот, электрофоретическое разделение белков и изоферментов. 13