Ключевые различия между фенотипической и генотипической изменчивостью заключаются в следующем:
Таким образом, фенотипическая изменчивость затрагивает только фенотип (внешние проявления), а генотипическая — затрагивает и генотип, что означает, что генетические изменения затрагивают и половые клетки. 1
Ещё одно различие заключается в том, что фенотипическая изменчивость носит групповой характер и характерна для многих особей, в то время как генотипическая изменчивость индивидуальна и обусловлена возникновением разных типов мутаций и их комбинаций. 14