Ключевые особенности методики окрашивания по Цилю-Нильсену:

• Принцип метода состоит в том, что при одновременном воздействии нагрева и сильного протравливающего вещества — фенола (карболовой кислоты), на котором готовится основное красящее вещество фуксин, облегчается проникновение анилинового красителя в микробную клетку и, особенно, в структуры её клеточной стенки. 1
• Последующее обесцвечивание мазка приводит к обесцвечиванию всех некислотоустойчивых структур. 1 Только кислото- и спиртоустойчивые микроорганизмы стойко удерживают краситель и остаются после обесцвечивания окрашенными в малиново-красный цвет. 1
• Кислотоустойчивые бактерии приобретают интенсивно красный цвет, остальная микрофлора окрашивается в светло-синий цвет. 2