Суть метода окраски по Цилю-Нильсену заключается в обнаружении и дифференциации кислотоустойчивых бактерий от некислотоустойчивых. 1

Принцип метода состоит в том, что при одновременном воздействии нагрева и сильного протравливающего вещества — фенола (карболовой кислоты), на котором готовится основное красящее вещество фуксин, облегчается проникновение анилинового красителя в микробную клетку и, особенно, в структуры её клеточной стенки. 2

Последующее обесцвечивание мазка приводит к обесцвечиванию всех некислотоустойчивых структур. 2 Только кислото- и спиртоустойчивые микроорганизмы стойко удерживают краситель и остаются после обесцвечивания окрашенными в малиново-красный цвет. 2 Обесцвеченные элементы мазка докрашивают метиленовым синим. 2

При окраске по этому методу кислотоустойчивые бактерии приобретают интенсивно красный цвет, а остальная микрофлора окрашивается в светло-синий цвет. 3