Разница между словами «дополнить» и «заполнить» заключается в их значениях:

1. Дополнить — сделать более полным, добавить новое к уже сказанному или сделанному. 13 Например: дополнить теоретические знания опытом, дополнить образ новыми деталями, дополнить ответ, рассказ. 1
2. Заполнить — занять целиком, наполнить что-нибудь пустое. 25 Также — покрыть записями, исписать. 1 Например: заполнить зал до отказа, заполнить анкету, тетрадь. 1

Таким образом, дополнить относится к добавлению нового к уже имеющемуся, а заполнить — к заполнению чего-либо целиком или заполнению пустых мест записями. 12