В чем разница между WKT и WGS84 в системах координат QGIS?

Возможно, имелись в виду различия между форматами WKT и WGS84 в контексте систем координат, поддерживаемых программой QGIS.

WKT — это формат, который описывает системы координат. ru.wikipedia.org В частности, WKT может описывать двумерную географическую систему координат, начиная с оси широты, за которой следует ось долготы. ru.wikipedia.org

WGS84 (EPSG:4326) — одна из популярных систем координат в QGIS, в которой обычно хранят векторные данные. docs.nextgis.ru Единица измерения — градусы. docs.nextgis.ru Если отобразить геоданные в этой системе координат без перепроецирования, то картинка будет сплющенной. docs.nextgis.ru

Таким образом, разница заключается в том, что WKT — это формат, а WGS84 — одна из систем координат, которые поддерживаются QGIS.

При этом в программе есть возможность создавать собственные системы координат, а также поддерживать перепроецирование «на лету» для векторных и растровых слоёв, что позволяет корректно отображать одновременно несколько слоёв, находящихся в различных проекциях. ubuntu.qgis.org