Разница между суффиксами -ышк- и -ишк- в русском языке заключается в их значении:

• Суффикс -ышк- используется в существительных среднего рода и придаёт уменьшительно-ласкательное значение. 14 Примеры: пёрышко, солнышко, стёклышко, гнёздышко. 13
• Суффикс -ишк- может употребляться в существительных мужского, среднего и женского рода, внося уменьшительно-пренебрежительное значение. 13 Примеры: фанфаронишка, сараишко, платьишко, именьишко, шинелишка. 1

Таким образом, суффикс -ышк- используется для слов среднего рода, а суффикс -ишк- — для слов всех трёх родов, когда необходимо придать дополнительное уменьшительное значение. 4