Разница между системами классификации микроорганизмов в современной науке заключается в используемых методах и критериях разделения на группы. 14

Некоторые системы:

• Нумерическая таксономия. 1 Признаёт равноценность всех признаков. 1 Видовая принадлежность устанавливается по числу совпадающих признаков. 1
• Серотаксономия. 1 Изучает антигены бактерий с помощью реакций с иммунными сыворотками. 1 Наиболее часто применяется в медицинской бактериологии. 1
• Хемотаксономия. 1 Применяются физико-химические методы, с помощью которых исследуется липидный, аминокислотный состав микробной клетки и её определённых компонентов. 1
• Генная систематика. 1 Основана на способности бактерий с гомологичными ДНК к трансформации, трансдукции и конъюгации, на анализе внехромосомных факторов наследственности — плазмид, транспозонов, фагов. 1

Также в современной систематике все микроорганизмы относятся к трём царствам: Vira (вирусы), Eucaryotae (простейшие и грибы) и Procaryotae (преимущественно одноклеточные микроорганизмы). 1