«Фактически» и «в самом деле» — это частичные синонимы, которые имеют некоторые различия в значении. 1
«Фактически» указывает на реальное существование чего-либо с точки зрения имеющихся фактов. 1 Например: «Фактически, на всех этих дисках были документы». 1
«В самом деле» подчёркивает истинность высказывания в действительности. 13 Также это может быть вводная конструкция, за которой следует доказательство ранее высказанной мысли. 1 Например: «На самом деле, русские знали об обширных территориях за Уралом много ранее XV века». 1
Таким образом, «фактически» акцентирует внимание на фактах и конкретных данных, а «в самом деле» подтверждает, что что-то является правдой. 3