Разница между переносом двойных согласных в корнях и на стыках морфем заключается в правилах переноса слов.

Двойные согласные в корнях следует рассредоточить при переносе, то есть одну букву оставить на строке, другую — перенести. 1 Примеры: суб-бота, кас-са, колон-на. 1 Двойные согласные в корнях исконно русских слов обычно представлены сочетаниями «сс» и «жж». 3 В корнях заимствованных слов могут удваиваться любые согласные. 3

Двойные согласные на стыке морфем переносятся в соответствии с морфемным строем слова. 1 Если двойные согласные пишутся на стыке приставки и корня, то перенос осуществляется так: рас-считать, без-злобный, ис-следователь. 1 Также двойные согласные могут появляться на стыке корня и суффикса или на стыке составных частей сложносокращённых слов. 45

Таким образом, при переносе слов с двойными согласными в корнях важно соблюдать общее орфографическое правило, а при переносе слов с двойными согласными на стыке морфем — учитывать морфемный строй слова.