Разница между написанием прописных букв и заглавной первой буквы каждого слова заключается в их использовании:

• Прописные буквы — это заглавные буквы, которые отличаются от строчных большим размером. 2 Они пишутся в начале предложений, наименованиях и некоторых других случаях. 2 Например, в именах собственных (имена, фамилии, отчества, клички животных, прозвища и псевдонимы). 13
• Заглавная буква пишется только в начале предложения. 3 Также с неё начинается каждая новая строка в поэтических произведениях, даже если предложение ещё не закончилось. 23

Таким образом, основное различие в том, что прописные буквы используются для обозначения начала фразы и определённых слов, а заглавная буква — только для начала предложения.