Разница между корневыми и некорневыми филогенетическими деревьями заключается в следующем:
Необходимость рассматривать некорневые деревья возникает из-за того, что часто связи между узлами восстановить легче, чем направление эволюции. 1
Таким образом, корневые деревья дают чёткую картину направления эволюции и необходимы для понимания последовательности событий, а некорневые деревья обеспечивают гибкость в изображении отношений, не делая предположений о корне. 4