В современных исследованиях не отказываются от модели атома в пользу молекулярных моделей, а учитывают более сложные энергетические уровни молекул по сравнению с атомами. 1
Помимо движения электронов относительно ядра атома, в молекулах присутствуют колебания атомов относительно положения равновесия и вращения молекулы как целого. 1 Каждому из таких видов движения соответствуют свои уровни энергии. 1
Согласно современным квантово-механическим представлениям, у атомов в молекуле более или менее неизменным остаётся только остов — ядро и внутренние электронные оболочки, тогда как характер движения внешних (валентных) электронов коренным образом изменяется так, что образуется новая (как бы отдельная), молекулярная электронная оболочка, охватывающая всю молекулу. 2
Таким образом, молекулярные модели учитывают более сложные процессы и особенности взаимодействия атомов в молекулах.