В современном представлении мезодерма имеет энтодермальное происхождение, потому что она формируется за счёт энтодермального эпителия первичного кишечника. 2

У вторичноротых животных (иглокожих, полухордовых и хордовых) стенка первичного кишечника образует выпячивания, которые обособляются в виде отдельных пузырьков. 2 Стенки этих пузырьков образованы клетками, которые ранее входили в состав первичного кишечника. 2 Теперь эти клетки стали новым зародышевым листком — мезодермой. 2

Также формирование мезодермы на уровне клеток сводилось к обособлению от энтодермы (энтомезодермы) клеток миогенной природы, которые рассматриваются как древнейшие производные мезодермы. 4