Слово «нумерация» прижилось в русском языке, вероятно, из-за исторического развития. 2

До начала XX века в русском языке параллельно существовали формы «номер» и «нумер», а также производные от них — «номеровать» и «нумеровать», «номерация» и «нумерация». 2 Все варианты зафиксированы, например, в словаре Даля. 2

Однако со временем формы «нумер» и «номерация» постепенно вышли из употребления, и в ходу остались только «номер» и «нумерация». 2

Возможно, путаница возникает из-за близкого по звучанию слова «номер», но при образовании существительного, обозначающего действие, используется корень «нумер». 5